Infancia perdida, infancia regalada
La historia de Himiko no es la más épica de todas las historias de ninjas que existen. Los informes de su rescate cuentan que fue encontrada con dos o tres años de edad en la aldea de Tsukigakure, en el País de la Luna, una aldea pequeña y sin Kage, durante el transcurso de una misión para la que tanto los ninjas de la Hoja como los ninjas de la Luna colaboraban para dar caza a unos asesinos que resultaron ser miembros del clan Amatsuhikone. En aquel escuadrón, se encontraba un joven Fugaku Uchiha. Tras seguir la pista a los asesinos hasta un pequeñísimo pueblo situado a los pies de un gran complejo de santuarios, encontraron a una niña muy pequeña que huía de una caseta suplicando ayuda. Fugaku entabló combate contra los agresores, que resultaron ser los asesinos que perseguían, dándole la victoria como resultado. Conmovido por la pequeña, cuyo nombre era Himiko, decidió llevársela al País del Fuego para protegerla y criarla. En un primer momento, al Tercer Maestro Hokage no le pareció una buena idea, pero al ver la insistencia de Fugaku y a la niña, consintió que se quedara con su salvador que recientemente había contraído matrimonio con una preciosa mujer llamada Mikoto.
Himiko vivió como primogénita de los Uchiha siendo amada y querida por sus padres adoptivos; recibió con gran cariño a Itachi y aún más a Sasuke, a quienes siempre consideró sus hermanos. Pero pronto aquella idílica historia de amor familiar quedaría en un vago recuerdo: Himiko, con el tiempo, empezó a ser rechazada por el Clan Uchiha y por la villa que la había visto crecer, ya que se presuponía que el Juinjutsu de Kaguya, la Locura de Luna, comenzaría a afectarla en cualquier momento.
Ante el temor confesado al Tercer Maestro Hokage, Hiruzen Sarutobi, hubo de tomar una decisión: encerrarla donde no pudieran dañarla, o permitir que continuase con su familia. Una decisión que no se tomó y que suscitó una segunda cuestión cuando Minato Namikaze tomó el testigo de Sarutobi. Sin embargo, el Cuarto Maestro Hokage decidió, en primer lugar, dejar que la niña continuase en la villa ya que no la veía como una amenaza (especialmente después de corroborar que no poseía el Juinjutsu que sí tenían la mayoría de los miembros de su clan), al tiempo que continuaba sus estudios en la Academia Ninja.
El ataque del Zorro de Nueve Colas y el País del Hierro
Tras el ataque de Kurama, contando Himiko con 12 años reales, el Tercer Maestro Hokage, que había vuelto al cargo tras el sacrificio del Namikaze, optó por pedir ayuda al País del Hierro ante las presiones del clan Uchiha y la negativa de los diferentes maestros a tomarla como discípula, llevándola a vivir con los samuráis mintiendo sobre la edad de la chica creyendo que así tendría una oportunidad. Como acto de "bondad", el Señor Mifune destinó a Himiko a la zona hanamachi de la ciudad, a una okiya de geikos (ya que en el País del Hierro, no se adiestraba a las mujeres en el combate sino que se las relegaba al ámbito doméstico y del ocio).
​Pero Himiko, en la okiya, no gozaba de simpatías. Su base de adiestramiento ninja de la que hacía cierto uso, no se veía con buenos ojos. Por eso, le dieron formación como maiko, pero siempre la tuvieron como criada o señorita de compañía de poca importancia. De esta manera, Himiko se convirtió en una mujer elegante y muy culta, pero maltratada y condenada a vivir una vida de golpes y desprecio.
La Serpiente y la Grulla
Tal vez la providencia condujese al sannin Orochimaru al cabo de los años (incluso antes de abandonar la Organización Akatsuki) hasta dicha región; tal vez su incipiente curiosidad lo condujo a ofrecerle a la muchacha una salida a su situación de desgracia y maltrato, un camino de vida. Fuera lo que fuese, a partir de ese momento, Himiko, con 18 años, se convirtió en la Segunda Discípula de la Serpiente Blanca y le profesó una lealtad inconmensurable, ya que parecía ser la única persona en el mundo que no la repudiaba.
Himiko permaneció bajo el adiestramiento de Orochimaru incluso cuando éste abandonó Akatsuki, siempre dejando bien claro que ella quería encontrar su camino aprendiendo todo lo posible y aquel hecho no quedó indiferente, ni para el Sannin ni para el resto del mundo. Pronto comenzó a ganarse enemigos poderosos que la perseguirían durante mucho tiempo ya que demostró no solo tener unas habilidades de chakra magníficas, sino que podía rastrear objetivos con exactitud, asesinar de manera eficaz, encriptar y desencriptar mensajes e infiltrarse donde quisiera sin dejar rastro. Con el beneplácito de Orochimaru, comenzó una serie de incursiones por el mundo con la intención de descubrir más sobre sí misma, su clan, de lo que era capaz y, de manera indirecta, reunir información acerca de la situación del mundo y las diversas amenazas que comenzaban a pesar como la espada de Damocles sobre sus cabezas.
La vuelta a los orígenes y los exámenes de Chuunin
Himiko, en estos viajes, contactó con su clan de origen y aprendió a dominar su chakra infiltrándose en él, adquiriendo nuevas destrezas sin imaginar todo lo que había sucedido en su ausencia. De modo que, cuando llegó a sus oídos que Akatsuki había retomado su movimiento, regresó al lado de Orochimaru por propia voluntad, más fuerte y formada que antes de su partida que y con muchos secretos del clan Amatsuhikone bajo el brazo, incluyendo un plan para purgar el clan. Así lo demostró con 24 años cuando se unió a los exámenes de Chuunin celebrados en la Villa Oculta de la Hoja siendo su examen el más largo jamás celebrado en última fase, ya que duró cuatro días y culminó con un combate en el que casi mató a su adversario. Era, asimismo, la encargada de cubrir la huida de Orochimaru durante su plan de atacar la Hoja tras la celebración de los exámenes de Chuunin pero cuando dicho plan se torció, por la seguridad de Himiko, Orochimaru la obligó a huir para que no la vinculasen con él.
El plan contra Akatsuki
Sin embargo, las amenazas tanto sobre ella como sobre su maestro se habían vuelto cada vez más constantes y peligrosas: así, se enteró tanto de los movimientos de Organización Akatsuki con respecto a la búsqueda de jinchuuriki, como de que los enemigos de la Serpiente Blanca la buscaban. Los segundos consideraban que tenía una información valiosa que muy especialmente deseaba la Hoja. Consciente de lo que suponían los movimientos de Akatsuki y siguiendo el pretexto de "el enemigo de mi enemigo es mi amigo", Himiko urdió un intrincadísimo plan para infiltrarse en la organización y obtener más datos para poder actuar; hasta que, tras una difícil misión que Akatsuki le encomendó, Himiko se quedaría al borde de la muerte, algo que tanto Kabuto como Orochimaru lograron evitar muy justos de tiempo, dando como resultado la misión fallida y que a ella se le diese por muerta, una situación de la que sacó muchísima ventaja.
La guerra civil de Oto no Kuni.
Tras una complicada y relativamente larga recuperación en la que tuvo mucho tiempo para pensar, Himiko empezó a ver que tenía la opción de escoger un destino que no tenía por qué desvincularla de la única gente que la había aceptado; por ello, tomó dos decisiones cruciales en su vida. La primera, provocar a propósito una guerra civil en el País de los Campos de Arroz que lo conformó como una nación propia aunque no derrocó al señor feudal que gobernaba. Sus razones: tener un refugio seguro para ella y los suyos, haciendo realidad los sueños de la gente que amaba, además de considerar ese territorio como una ventaja táctica sobre sus enemigos. La segunda decisión fue tomar el liderazgo de su clan por la fuerza, purgarlo y liberarlo del yugo al que estaba sometido desde hacía siglos.
La muerte de Orochimaru
Tras el asesinato de Orochimaru (sobre quien percibía una amenaza silenciosa) a manos de Sasuke Uchiha, que la marcó profundamente, junto con su odio hacia su compañero Kabuto Yakushi, Himiko partió al País de la Luna para hacerse con el control de su clan y, tras la purga del clan decidió unirse a las fuerzas de la Alianza Shinobi con su propio ejército de leales, siendo aceptada no sin recelo en las filas de los Cinco Kages como una aliada externa ante la inminente destrucción llevada a cabo por Madara Uchiha y la llegada inexorable de la Cuarta Guerra Ninja.
La Cuarta Guerra Ninja
Así, esta Cuarta Guerra Ninja se llevó a cabo de la manera más brutal, acarreando demasiadas vidas y recursos en aquel intento desesperado por mantener con vida el mundo que conocían. Su papel dentro de la misma, desempeñando diversas funciones (especialmente de tipo defensivo) fue lo que le llevó a recibir el indulto del resto de naciones y ostentar de manera oficial el cargo de Otokage al término de la guerra, con el beneplácito del País de los Campos de Arroz, las Cinco Grandes Naciones Ninja y su hace tiempo ex-maestro, con el que se reencontró y con quien por fin formalizó su relación de pareja.
Post-Shippuuden: Next Generations
Durante dos años más, prosiguió la guerra civil que había iniciado en el renombrado País del Sonido hasta que por fin hubo limpiado el país de criminales y parias y firmó una alianza pública con la Villa Oculta de la Hoja, sin renunciar a formar ninjas competentes por lo que pudiera ocurrir en el futuro. Es por eso que infiltró a lo que quedaba del clan Amatsuhikone en la corte del Señor Feudal de la Isla de la Luna, con quien mantiene una alianza en el más absoluto de los secretos, para derrocar al Señor Feudal del País del Sonido; a cambio, la Villa Oculta del Sonido entrena a los ninjas procedentes de la Isla de la Luna, ya que la fuerza militar de ésta es bastante escasa. Durante este tiempo, Orochimaru la hizo madre de su primer hijo, Log, al clonarlo a partir de Toneri Ootsutsuki.
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Himiko vive desde entonces en relativa paz en la Villa Oculta del Sonido como una respetada señora de la guerra, compartiendo una familia con la única persona que nunca la había temido y que jamás pensó en destruirla, persona a la que además ama incondicionalmente, observando muy detenidamente el mundo que se crea ante sus ojos y moviendo sus piezas con cautela, ya que es muy consciente del peligro y no va a permitir que los pillen desprevenidos. Por eso, como Segunda Otokage de la Villa Oculta del Sonido, gobierna "con mano de hierro" ya que no va a permitir que su tierra se vuelva a convertir en nido de criminales y parias.